El primer trencaclosques va aparèixer en els diaris al final de segle XIX, quan un francès estava experimentant en l'eliminació de números en els quadrats màgics. Le Siècle, un diari amb sede en París, el 19 de novembre de 1892 va publicar un quadrat màgic de 9x9 inacabat. No era un Sudoku, però compartia les seves característiques: Cada fila, columna i regió (subquadrat) sumaven el mateix número.
Segons Will Shortz, el Sudoku modern va ser probablement dissenyat de forma anònima per Howard Garns, de 74 anys, jubilat arquitecte i constructor de trencaclosques, i publicat per primera vegada en 1979 per Dell Magazines.